L’importance de la flore intestinale (microbiote) sur la santé

La flore intestinale ou microbiote : qu’est-ce que c’est ?

Flore intestinale et microbiote : définition

La flore intestinale est le terme donné à l’ensemble des espèces bactériennes se développant et vivant dans nos intestins (à l’instar de la flore vaginale ou cutanée), et plus particulièrement notre colon.

Si on a longtemps évoqué des chiffres de 100.000 milliards de bactéries, une récente estimation précise que nous en aurions plutôt de l’ordre 40.000 milliards¹. Un nombre qui reste néanmoins colossal et vertigineux, puisqu’il dépasse celui des cellules humaines qui constituent notre corps !

Plus récemment, les scientifiques ont préféré le terme de « microbiote » à celui de flore intestinale car, en plus des bactéries, ils ont découvert tout un ensemble de micro-organismes : virus, parasites, levures et champignons notamment. Mais le terme de flore intestinale reste couramment utilisé et accepté, d’autant que les bactéries constituent près de 93% du microbiote intestinal².

Flore intestinale ou microbiote : quel est son rôle ?

Le microbiote intestinal a des rôles tellement variés et précis qu’il est défini comme un organe à part entière.

Il a un rôle majeur dans la digestion, notamment :

Mais le rôle du microbiote ne s’arrête pas là, il a notamment un rôle prépondérant sur le système immunitaire :

Le microbiote a même des liens directs avec le cerveau, via ce que l’on nomme l’axe intestin-cerveau, ce qui vaut d’ailleurs au système nerveux qui gère l’intestin (et qui ne contient pas moins de 200 millions de neurones) le surnom de « deuxième cerveau ».

Flore intestinale : qu’est-ce que la dysbiose ?

Notre microbiote a également sa santé propre, et lorsque sa biodiversité est déséquilibrée, on parle de « dysbiose ».  Celle-ci peut se traduire par la réduction plus ou moins drastique de la diversité ou de la quantité des « bonnes » bactéries qui le composent, et/ou à l’inverse par un excès de bactéries pathogènes.

Le microbiote intestinal étant donc lié, directement ou indirectement, à tous les aspects de notre santé, il n’est pas étonnant de constater que lorsque ce microbiote est « malade », ou en état de dysbiose, notre santé finit par en pâtir.

La dysbiose est ainsi liée à de très nombreuses pathologies : maladies cardiovasculaires (hypertension et athérosclérose), cérébrovasculaires (AVC), métaboliques (diabète, obésité), et même certains cancers. Bien que toutes ces maladies soient multifactorielles, et que la part de chaque facteur peut varier d’un individu à l’autre, il apparait de plus en plus clairement que le microbiote joue un rôle plus ou moins important dans chacun.

Dysbiose du microbiote : quel impact sur la santé ?

Flore intestinale et maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI)

Le lien le plus direct de la dysbiose est celui avec les maladies de l’intestin, et notamment les maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI) comme la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique (ou colite ulcéreuse).

Les MICI sont liés à une homéostasie immunitaire défaillante au niveau de l’intestin et du microbiote en particulier, dont la dysbiose est un facteur essentiel d’inflammation et de développement des lésions de la muqueuse. Il a notamment été récemment découvert que certaines bactéries exacerbent l’inflammation, comme celles du genre Fusobacterium, tandis que d’autres l’atténuent, comme Faecalibacterium prausnitzii ou certaines bactéries du genre Clostridium¹¹.

On sait aujourd’hui que ce sont les facteurs environnementaux qui jouent un rôle majeur dans la survenue de ces troubles, puisque la plupart des individus présentant une susceptibilité génétique ne développent pas la maladie¹². La contribution du seul risque génétique au développement de la maladie de Crohn a d’ailleurs été estimée à seulement 20% environ¹³.

Flore intestinale et maladies métaboliques

Les phénomènes inflammatoires liés à la dysbiose du microbiote ne sont pas seulement à la source de désagréments locaux. Un très grand nombre de pathologies, comme le diabète ou l’obésité sont également liés à des états inflammatoires chroniques.

L’un de ces mécanismes prend sa source dans une famille de molécules appelées lipopolysaccharides (LPS).

Les LPS sont des endotoxines « pyrogènes » (qui créent de la chaleur et de l’inflammation), qui se trouvent à la surface de bactéries dites à « Gram négatif ». Ces bactéries ont tendance à augmenter dans notre intestin, notamment lors d’une alimentation riche en graisses¹⁶ (bien qu’il ne soit pas encore clair quel type de graisses et dans quelles quantités).

Les LPS ont la particularité de pouvoir déclencher une libération de cytokines pro-inflammatoires au niveau de la barrière intestinale.

L’inflammation locale va alors augmenter la perméabilité intestinale, ce qui va permettre aux LPS de traverser la paroi, créant un afflux dans la circulation sanguine. A partir de là, les LPS vont pouvoir directement cibler d’autres organes et tissus cibles, comme le foie, le pancréas, les tissus adipeux ou musculaires. Cela entraine d’autres phénomènes inflammatoires locaux à bas bruit qui peuvent alors avoir des effets considérables sur le métabolisme, avec pour conséquence un syndrome que l’on appelle « endotoxémie métabolique » ¹⁷.

Mais d’autres voies liant le microbiote à l’obésité ou au diabète ont très récemment été découvertes : celles des métabolites du microbiote (des molécules produites par nos bactéries), et entre autres, l’hippurate.

En 2021, un groupe de chercheurs de l’INSERM, de l’INRAE, de l’Imperial College London et de l’université de Copenhague au Danemark publient un article dans le journal Gut¹⁹, qui s’appuie sur la cohorte MetaHIT, une étude de 2008 qui avait fait date dans le milieu puisqu’elle a grandement contribué à l’avancée de nos connaissances sur le sujet.

Ces chercheurs ont montré que l’hippurate, un métabolite produit par le microbiote intestinal, était à la fois un marqueur de la diversité et de la richesse du microbiote intestinal, et de la santé métabolique de l’hôte.

Il était d’ailleurs déjà communément admis que plus un microbiote est riche (quantitativement) et diversifié (qualitativement), meilleure était la santé de l’hôte. Mais les mécanismes sous-jacents n’étaient alors pas bien compris.

L’hippurate en représente donc un marqueur puisque plus notre microbiote est riche et diversifié, plus il produirait de l’hippurate (que l’on peut quantifier via nos urines). Et c’est cet hippurate (entre autres) qui nous protégerait de maladies métaboliques comme le diabète de type 2, notamment en favorisant la sécrétion d’insuline et en régulant la glycémie.

L’hippurate aurait même des effets bénéfiques sur les marqueurs de la santé cardiovasculaire de personnes obèses qui ont une alimentation riche en lipides, notamment sur la résistance à l’insuline, qui était bien plus basse chez les personnes présentant le plus haut taux d’hippurate dans les urines.

Des études complémentaires sur les souris permettent même de poser l’hypothèse qu’une administration d’hippurate pourrait améliorer la résistance à l’insuline et la régulation de la glycémie chez des sujets obèses.

Une partie de cette même équipe de chercheurs avait déjà publié une étude similaire en 2020 dans le journal Cell Reports²⁰, dans laquelle ils avaient montré qu’un autre métabolite du microbiote, le 4-cresol, pouvait avoir des effets protecteurs contre le diabète de type 1 et 2, notamment en stimulant la croissance des cellules bêta du pancréas qui produisent l’insuline (et qui sont détruites dans le cas du diabète de type 1).

Flore intestinale et maladies cardiaques

Les maladies métaboliques sont déjà, en soit, des facteurs de risques de maladies cardiaques. L’obésité ou le diabète de type 2 prédisposent en effet largement à ce type de pathologies. Mais des liens plus directs existent entre la dysbiose et l’athérosclérose ou l’hypertension artérielle, qui sont des facteurs de risque directs et causaux de maladies cardiovasculaires.

La TMA est un dérivé de l’ammoniac : il s’agit d’un gaz qui devient liquide à plus de 2°C et qui dégage une forte odeur de poisson pourrie. Il est produit par le microbiote lors du métabolisme des lécithines alimentaires ainsi que de la carnitine (un acide aminé très répandu dans la viande).

La TMA est alors dégradée par une enzyme, la flavine-monooxygénase 3 (FMO3), en oxyde de triméthylamine (TMAO) par une action combinée du microbiote intestinal et du foie.

Un niveau élevé de TMAO a été associé à un risque accru d’événements indésirables dans les maladies cardiovasculaires. Il est notamment aujourd’hui reconnu comme étant un contributeur à la formation des plaques d’athéroscléroses²².

Mais plus récemment, des chercheurs ont indiqué que le TMAO pouvait provoquer des modifications épigénétiques de l’ADN et, par la formation de composés N-nitreux, endommager l’ADN, ce qui peut entraîner des transformations malignes dans les cellules exposées²³.

Le problème est que les aliments qui contiennent des lécithines ou de la carnitine sont généralement considéré comme sains et denses nutritionnellement : il s’agit par exemple des viandes, des abats, du jaune d’œuf, des produits laitiers entiers et des poissons gras.

L’idée n’est donc pas de limiter nécessairement ces aliments, mais de comprendre par quels mécanismes agit le TMAO et pourquoi certaines personnes, de par leur microbiote intestinal, leur polymorphisme individuel et leur mode de vie, en produisent plus que d’autres.

Plusieurs études sont par ailleurs en cours afin de chercher à moduler la production de TMAO :

• Soit par le biais de prébiotiques et de probiotiques, afin d’influer sur les souches bactériennes qui produisent ces métabolites ;
• Soit en utilisant des micro-organismes appelés archées (qui sont semblables à des bactéries), qui utilisent des composés méthyliques tels que la TMA et du TMAO comme substrats afin de produire du méthane²⁴.

Et de fait, un certain nombre d’études se sont penchées sur la différence de microbiote entre des personnes saines et des personnes malades.

En 2017, dans le journal Nature, un groupe de chercheurs publie une étude²⁵ dans laquelle ils comparent l’analyse métagénomique de 218 personnes atteintes d’une maladie cardiovasculaire athéroscléreuse et 187 témoins sains.

Ils découvrent que le microbiote des personnes malades diffère très largement de celui des personnes en bonne santé par une abondance accrue d’entérobactéries (une famille de bactéries à Gram négatif qui comprennent des espèces du genre Salmonella ou Escherichia) et du genre Streptococcus spp. Cela se traduit sur un plan fonctionnel par une différence de métabolisme ou de transport de plusieurs molécules importantes pour la santé cardiovasculaire.

Les chercheurs identifient même des thèmes communs en comparant les données sur le microbiome intestinal (l’ensemble des génomes du microbiote) associées à d’autres maladies cardiométaboliques (obésité et diabète de type 2), à la cirrhose du foie et à la polyarthrite rhumatoïde.

Cependant, outre les dénominateurs communs identifiés entre ces microbiotes, les chercheurs notent que le microbiome intestinal de chaque maladie présentait également des caractéristiques uniques en termes de capacité fonctionnelle et de composition en espèces et en gènes.

Flore intestinale et cancers

La flore intestinale est, on l’a vu, un point central concernant les phénomènes inflammatoires. C’est le dérèglement de ces phénomènes (via la dysbiose), qui va favoriser l’apparition de maladies inflammatoires et cardiométaboliques.

Mais la flore intestinale est aussi particulièrement liée au système immunitaire. Un dérèglement du microbiote va donc inéluctablement entrainer un dysfonctionnement immunitaire, dont le cancer peut résulter.

Dans le cas des cancers colorectaux par exemple, les mécanismes peuvent être multiples, et les bactéries peuvent affecter le cancer directement ou indirectement, en sécrétant des métabolites, en envahissant les tissus et en modulant la réponse immunitaire de l’hôte.

Un certain nombre de bactéries sont associées à ce cancer, dont Fusobacterium, Peptostreptococcus, Porphyromonas, Prevotella, Parvimonas, Bacteroides et Gemella, qui peuvent stimuler plusieurs voies carcinogènes.

Les analyses métagénomiques montrent d’ailleurs que dans ces cas, la dysbiose précède bien le cancer colorectal²⁶.

Dans certains cas, une seule bactérie peut être à l’origine d’un cancer. C’est le cas par exemple de Helicobacter pylori, qui est le plus grand facteur de risque connu pour l’adénocarcinome gastrique, bien que seule une minorité de personnes colonisées par cette bactérie développent un cancer de l’estomac.

Il est possible là encore que l’inflammation puisse jouer un rôle dans le développement de ce cancer²⁷.

Enfin, d’autres mécanismes existent. Dans certains cas, la dysbiose entraine une perméabilité intestinale qui permet à certains composés cancérigènes de passer dans l’organisme. Des cancers comme celui de l’œsophage, du pancréas, du larynx, du sein et de la vésicule biliaire peuvent être liés à ce mécanisme²⁸.

Il existe d’autres mécanismes qui impliquent la dysbiose dans le développement de certains cancers, dont certains ont été récemment mis en évidence, et qui impliqueraient des bactéries qui se retrouvent au sein des cellules tumorales²⁹.

Flore intestinale et maladies neurodégénératives

Les maladies neurodégénératives telles que la maladie d’Alzheimer, la maladie de Parkinson, la sclérose latérale amyotrophique (maladie de Charcot) et la maladie de Huntington, se caractérisent par une dégradation progressive et irréversible de la structure et de la fonction du cerveau, qui se traduit par une réduction des capacités cognitives, sociales, intellectuelles et motrices. Cette dégradation aboutit à la perte d’autonomie et à une morbidité précoce.

Passé un cap, le microbiote subit une réduction rapide de la quantité de bactéries et de leur diversité³⁰.

Cette diminution de richesse et de diversité microbienne va altérer la prolifération des cellules souches intestinales, la fonction de barrière épithéliale, le microbiote intestinal et la composition des réponses immunitaires innées et adaptatives³¹.

Par ailleurs, on en a parlé précédemment, notre cerveau communique avec notre intestin via ce que l’on appelle l’axe intestin-cerveau. On sait désormais que cet axe joue un rôle crucial dans l’émergence des maladies neurodégénératives.

En effet, cet axe est un système de communication à double sens. Une myriade de micro-organismes qui composent le microbiote intestinal peut affecter la physiologie du cerveau en transmettant depuis l’intestin de nombreuses substances chimiques microbiennes, influençant même la synthèse des neurotransmetteurs³².

Par ailleurs, en cas de dysbiose, et surtout à un âge avancé, le microbiote ne tient plus son rôle barrière et la perméabilité intestinale est atteinte. Certaines molécules bactériennes peuvent alors passer dans le sang et atteindre également directement le cerceau, entrainant alors potentiellement des maladies neurodégénératives³³.

Cela pourrait être le cas dans la maladie d’Alzheimer, dans laquelle la barrière hémato-encéphalique est altérée, et pour laquelle certaines souches du microbiote reflètent certains marqueurs de la maladie³⁴ comme la protéine TAU (Tubule Associated Unit) et le peptide β-amyloïde dans le liquide cérébrospinal (liquide transparent dans lequel baignent le cerveau et la moelle spinale).

Une récente méta-analyse métagénomique a même montré une corrélation forte entre les 3 stades d’évolution de la maladie et le microbiote intestinal, ce dernier étant le reflet de l’état d’avancement de la maladie³⁵.

Concernant la maladie de Parkinson, des études sur l’animal en 2016 avaient déjà montré un lien entre le microbiote et les déficits moteurs caractéristiques de cette maladie³⁶.

En 2022, une méta-analyse portant sur le microbiote de personnes atteintes de la maladie montre des différences distinctives avec le microbiote de personnes saines, et trouvent des corrélations entre certains genres de bactéries et la sévérité motrice de la maladie de Parkinson³⁷.

Flore intestinale et santé mentale

L’un des derniers aspects de la santé qui semble impacté par le microbiote, et sans doute l’un des moins compris, semble être l’impact de notre flore sur notre santé mentale.

Pourtant, la plausibilité biologique et les hypothèses mécanistiques tiennent la route, puisque l’axe intestin-cerveau permet, on l’a vu, un échange à la fois informationnel et physique dans certains cas (par le biais de la barrière hémato-encéphalique).

La première étude qui confirme le lien potentiel entre santé mentale et microbiote date de 2009. Dans cet essai pilote randomisé en double aveugle³⁸, les chercheurs ont administré à une vingtaine de patients des souches de Lactobacillus casei souche Shirota.

Au bout de 2 mois, le microbiote de ces derniers s’était enrichi en Lactobacillus et Bifidobactéries, et leur anxiété avait diminuée par rapport au groupe placebo.

En 2014, un autre essai pilote du même type réitère l’expérience, mais en se focalisant cette fois sur l’humeur et les fonctions cognitives³⁹.

Comme précédemment, après 6 semaines de traitement, le groupe qui avait bénéficié de probiotiques a vu son anxiété légèrement diminuer, et les résultats dans les tâches d’attention étaient meilleurs.

En 2016, afin de tester ces hypothèses, un groupe de chercheur transplantent le microbiote de personnes dépressives et de personnes saines chez des souris privées de flore intestinale.

Ils observent alors des symptômes de dépression chez les premières souris, et rien de notable chez les deuxièmes, montrant qu’il est possible de moduler l’humeur et les symptômes dépressifs via le microbiote⁴⁰.

En 2020, des chercheurs font pour la première fois une analyse de l’ensemble des métabolites issus des différents microbiotes de personnes saines et dépressives⁴¹.

Ces données permettent de formuler des hypothèses quant aux mécanismes sous-jacents. Ils découvrent notamment que les personnes dépressives manquent d’un certain nombre de molécules qui participent au métabolisme de certains acides aminés et du neurotransmetteur inhibiteur GABA, très impliqué dans l’humeur et la dépression.

Les chercheurs ont également mis au point une combinaison de marqueurs biologiques qui permettaient de discriminer de manière très robuste les personnes atteintes de dépression.

La même année, une autre découverte majeure, que l’on doit à des chercheurs de l’Institut Pasteur, de l’Inserm et du CNRS, est publiée dans le journal Nature⁴². Les chercheurs ont réussi à montrer que le microbiote intestinal pouvait être la cause de la dépression, en provoquant une chute importante de métabolites lipidiques, appelés endocannabinoïdes.

Ces endocannabinoïdes se fixent sur les mêmes récepteurs que le THC (le composant actif du cannabis). Lorsque ces métabolites viennent à manquer dans l’hippocampe (une structure du cerveau qui joue un rôle fondamental dans l’apprentissage, la mémoire et dans l’intégration des expériences émotionnelles), un état dépressif surgit.

Ces chercheurs ont même montré qu’en traitant des souris dépressives avec ces bactéries responsables de la production d’endocannabinoïdes, ils étaient capables de traiter l’état dépressif. On nomme ce type de bactéries des psychobiotiques.

Comment améliorer sa flore intestinale par l’alimentation ?

Les facteurs environnementaux impactent le microbiote

Le microbiote intestinal chez l’adulte présente une grande variabilité interpersonnelle et intrapersonnelle. De nombreuses études sur des jumeaux monozygotes ont par exemple montré que moins de 50% des espèces bactériennes vont être retrouvées d’un jumeau à l’autre⁴³, ou que des pathologies telles que l’obésité vont être associées avec un microbiote profondément différent chez l’un des deux jumeaux⁴⁴ (avec évidemment toujours la question du sens causal qui se pose, même si, nous l’avons vu, pathologie et microbiote vont s’influencer mutuellement).

Cela montre en tout cas que le microbiote, même s’il reste relativement stable au sein d’une même personne, n’est pas figé à la naissance, et que de nombreux paramètres, environnementaux en particulier, vont avoir une influence dessus.

L’alimentation, le moyen le plus efficace pour améliorer le microbiote

De nombreux facteurs, on en a vu un certain nombre, affectent donc la composition du microbiote intestinal. Ces facteurs comprennent l’héritage génétique, l’âge, et même le sexe⁴⁵. Cependant, l’ensemble des études montre que, de tous les facteurs environnementaux étudiés à ce jour, c’est le régime alimentaire qui a le plus grand impact connu sur le microbiote intestinal⁴⁶.

Des recherches sur les effets des interventions diététiques ont montré que le microbiome intestinal peut changer radicalement et rapidement avec le régime alimentaire.

Une étude parue dans Nature en 2014⁴⁷ montre que, lorsque l’on se nourrit très majoritairement soit d’aliments d’origine animale ou à l’inverse d’origine végétale, le microbiote s’adapte très rapidement afin de favoriser dans le premier cas des micro-organismes tolérants à la bile qui vont permettre l’assimilation des protéines animales, et dans l’autre ceux qui vont faciliter l’assimilation de polysaccharides végétales.

Une alimentation diversifiée = une flore intestinale diversifiée

Nous l’avons vu, une flore intestinale en bonne santé, c’est avant tout une flore riche et diversifiée⁴⁸. Ces deux facteurs vont être des marqueurs de bonne santé, et à l’inverse, une flore appauvrie et peu diversifiée sera synonyme de pathologies diverses⁴⁹.

Or, chaque souche bactérienne va se nourrir d’un type de substrat particulier qui sera sélectionné par l’alimentation. Nourrir les mêmes espèces avec le même type d’alimentation va ainsi leur conférer un avantage concurrentiel par rapport aux autres microbiotes gastro-intestinaux.

Et de fait, plus l’alimentation est diversifiée, plus le microbiome est diversifié et plus il s’adaptera aux perturbations. C’est le constat d’une revue publiée par des chercheurs américains dans la revue Molecular Metabolism⁵⁰.

Ces chercheurs pointent également du doigt la perte de diversité alimentaire qui a eu lieu au cours des 50 dernières années, notamment en raison des pressions économiques visant à accroître la production alimentaire pour subvenir aux besoins d’une population mondiale croissante, et les régimes restrictifs (comme le végétalisme ou à l’inverse le carnivorisme), qui appauvrissent d’autant plus notre microbiote qu’ils privent de catégories entières d’aliments.

Il est vrai que, comme le rappelle la FAO⁵¹, nous avons perdu 75% de la diversité génétique des plantes en raison d’une sélection sévère pour des variétés génétiquement uniformes à haut rendement, et qu’aujourd’hui, 75% des aliments produits dans le monde proviennent de seulement 12 plantes et 5 espèces animales.

Cependant, ce n’est pas uniquement la perte de la diversité alimentaire qui est en cause selon ces chercheurs, mais aussi et surtout nos habitudes alimentaires (évidemment influencées par une agro-industrie qui uniformise de plus en plus nos goûts via des aliments hyperpalatables) qui, une fois établies en fonction du mode de vie, du palais et de la réticence à découvrir de nouveaux aliments, ne fluctuent plus une fois arrivés à l’âge adulte.

Le rôle des fibres et des polyphénols sur le microbiote

Dans une analyse métagénomique de 2016 menée sur 1.135 personnes⁵², les chercheurs trouvent une association forte entre glucides totaux et diminution de la diversité du microbiote, en particulier pour les genres Lactobacillus, Streptococcus et Roseburia.

L’indice de diversité de Shannon (un indice qui permet de calculer la diversité d’une flore) diminuait en fonction des niveaux d’apport en glucides totaux, en particulier raffinés (boissons sucrées et pain blanc notamment). A l’inverse, la diversité microbienne augmentait avec la consommation de fruits et de légumes, mais également de café, de thé et de vin rouge, des aliments riches en polyphénols divers.

Les hypothèses que formulent ces chercheurs sont les suivantes : les fibres, mais également les polyphénols, vont être des modulateurs bénéfiques du microbiote intestinal, alors qu’à l’inverse, une alimentation raffinée va avoir tendance à l’appauvrir.

Ces hypothèses, après avoir été testées et confirmées sur des souris, notamment via une étude de 2020 qui a montré que ce sont principalement les fibres qui modulaient le microbiote⁵³, ont trouvé écho dans de nombreuses études⁵⁴ et revues systématiques⁵⁵ chez l’homme.

En 2022, une grande revue de la littérature portant sur les effets de l’alimentation sur le microbiote, en particulier dans le cadre de la santé mentale, est publiée dans Nature⁵⁶. Elle conclut qu’une alimentation saine riche en fibres, en polyphénols et en micronutriments exerce un effet positif sur la composition microbienne de l’intestin, réduit l’endotoxémie métabolique et la neuroinflammation, et est associée à des améliorations de la santé cérébrale.

Une influence bidirectionnelle semble même exister entre les flavonoïdes et le microbiote, comme le montre une revue d’étude récente de 2023⁵⁷.

En effet, on le sait, les flavonoïdes sont des phyto-molécules avec de nombreux bénéfices sur la santé, mais leurs effets sont limités par leur faible biodisponibilité, puisque seule une petite partie des flavonoïdes peut être digérée et absorbée par l’estomac et l’intestin grêle. Ces flavonoïdes vont être décomposés en glycosides, puis fermentés par des bactéries anaérobies du microbiote, qui va aboutir à la synthèse de divers métabolites qui sont bénéfiques pour la santé humaine.

Mais ce que révèle l’étude, c’est que ces métabolites vont à leur tour exercer une influence sur le microbiote, améliorant ainsi l’absorption et la fonction des flavonoïdes. Un cercle vertueux qui s’installerait en somme en cas de consommation soutenue et régulière d’aliments riches en polyphénols.

Aliments fermentés et microbiote

Les yaourts par exemple, font partie des aliments fermentés les plus consommés. Même si leur effet sur notre flore intestinale ne semble pas encore très clair, une consommation régulière semble avoir des effets bénéfiques :

• En premier lieu sur la diversité du microbiote, en augmentant les lactobacilles et en diminuant les entérobactéries⁶⁰ ;
• Et sur la capacité globale de la flore intestinale à produire plus d’acides gras à chaine courtes⁶¹.

En particulier, une consommation régulière de yaourt modifie le microbiote de sorte à atténuer les symptômes de l’intolérance au lactose⁶², un syndrome qui touche près de 70% de la population mondiale⁶³.

Concernant les autres aliments fermentés, pour l’heure, les études sont trop peu nombreuses et trop peu qualitatives pour dresser des conclusions franches et définitives.

Néanmoins, une revue critique de 2020 portant sur 19 études interventionnelles chez l’homme révèle que, en dépit de l’hétérogénéité des études existantes, les résultats étaient pour l’heure prometteurs, et que les aliments fermentés pourraient constituer un élément intéressant à considérer afin de prévenir ou traiter la dysbiose intestinale chez l’homme⁶⁴.

L’impact des édulcorants sur le microbiote

Ces dernières années, un certain nombre d’études (en particulier in vivo et sur des souris) ont commencé à jeter un sérieux doute sur l’effet potentiellement nocif des édulcorants de synthèse sur le microbiote.

Une revue d’étude parue en 2022⁶⁵ note que la recherche animale suggère un effet potentiellement délétère des édulcorants sur le microbiote des souris (en altérant la tolérance au glucose). Cependant, ils précisent également que l’hétérogénéité entre les études rend l’interprétation difficile.

Les chercheurs souligne également la possibilité que les édulcorants de synthèse puissent affecter le microbiote et la physiologie de certaines personnes sensibles, mais pas d’autres.

Une autre revue publiée la même année⁶⁶ a passé en revue 6 études in vitro, 14 études et 4 études humaines sur l’influence de deux édulcorants de synthèse : le sucralose et la saccharine.

Les auteurs ont noté que les études in vitro et animales suggèrent que des doses élevées de saccharine et de sucralose peuvent modifier le microbiome intestinal (l’ensemble des gènes des micro-organismes qui composent le microbiote), alors que les études humaines n’ont pas démontré d’effet de ces édulcorants sur le microbiome intestinal. Mais ils précisent que cela était peut-être dû aux doses plus faibles d’édulcorants utilisées dans les études humaines comparativement aux études animales.

Enfin, toujours en 2022, parait dans le journal Cell⁶⁷ une étude randomisée sur l’homme afin de tester l’effet de la saccharine, du sucralose, de l’aspartame et de la stévia sur 120 personnes en bonne santé.

A bout de 2 semaines, chaque édulcorant semblait avoir eu un effet sur la composition et la fonctionnalité du microbiote de l’hôte :

• Dans le groupe sucralose, les changements étaient liés au métabolisme des purines ;
• Dans le groupe saccharine, ils impliquaient des voies liées à la glycolyse et à la dégradation du glucose ;
• Dans le groupe aspartame, ces changements étaient liés au métabolisme des polyamines ;
• Et dans le groupe stévia, ils étaient liés à la biosynthèse des acides gras.

Cependant, de nombreuses limitations méthodologiques empêchent toute conclusion formelle à ce stade, notamment le fait que :

Probiotiques, prébiotiques et transplantation fécale : quel impact sur le microbiote ?

L’influence des probiotiques sur le microbiote

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants (bactéries ou levures) qui sont soit ajoutés à certains produits alimentaires (comme les yaourts), soit vendus en tant que compléments alimentaires. Leur but : modifier la flore intestinale et promouvoir des effets bénéfiques sur la santé.

A ce jour, la plupart des études se sont révélées décevantes :

En 2014, une revue systématique portant sur 63 études analysant différents effets des probiotiques sur le microbiote⁶⁸ ne montre pas d’effet clinique significatif. Mais elle précise qu’il peut y avoir un intérêt à prendre des probiotiques afin de restaurer la flore de personnes saines suite à un « événement perturbateur » (par exemple une infection intestinale passagère).

Une revue systématique portant sur 7 études randomisées sur l’homme publiée en 2016⁶⁹ ne montre pas d’effet significatif de probiotiques sur le microbiote fécal chez des adultes en bonne santé.

Une méta-analyse d’essais contrôlés randomisés évaluant l’efficacité des probiotiques sur la cognition et les biomarqueurs de l’inflammation et du stress oxydatif chez les adultes atteints de la maladie d’Alzheimer ou de troubles cognitifs légers est parue en 2020⁷⁰.

Elle trouve que les probiotiques semblent améliorer les performances cognitives des patients atteints d’Alzheimer ou de troubles cognitifs légers, possiblement en diminuant les niveaux de biomarqueurs inflammatoires et oxydatifs, mais le niveau des preuves est considéré comme insuffisant.

Les chercheurs appellent à des preuves plus fiables provenant d’essais cliniques randomisés à grande échelle et sur des longues périodes.

Cette revue fait écho à une précédente méta-analyse publiée en 2021⁷¹ portant sur le rôle des probiotiques dans la démence (dont Alzheimer est la principale cause), qui n’avait montré aucun effet bénéfique de ces derniers.

Une revue portant sur 24 études observationnelles et 19 études interventionnelles parue en 2022⁷² montre que les probiotiques et les symbiotiques, mais pas les prébiotiques, pourraient avoir un effet bénéfique modeste sur certains symptômes de la dépression.

Transplantation fécale : l’avenir de la manipulation du microbiote ?

La transplantation de microbiote fécal (TMF) consiste à administrer une préparation de matière fécale issue d’un sujet sain dans le tube digestif d’un patient malade. A ce jour, cette intervention semble la plus efficace afin de moduler le microbiote.

Dans certains cas, c’est même un traitement de référence utilisé en routine, comme c’est le cas pour l’infection à Clostridioides difficile (C. difficile).

Clostridioides difficile (anciennement Clostridium difficile) est l’agent infectieux principal de la diarrhée nosocomiale chez les patients sous antibiothérapie. Depuis le début des années 2000, on note une importante augmentation de souches résistantes aux traitements antibiotiques classiques⁷⁴.

Depuis un certain nombre d’années, la transplantation de microbiote fécal s’est imposée comme un traitement efficace contre ces cas antibiorésistants. En 2022 est publiée la première revue systématique et méta-analyse⁷⁵ portant sur la sécurité et l’efficacité de la transplantation de microbiote fécal dans le traitement de l’infection à C. difficile chez l’enfant et l’adolescent. Le taux de réussite de la transplantation de microbiote fécal dans l’ensemble de la cohorte était de 86%. Les chercheurs concluent que la transplantation de microbiote fécal s’était avérée être une thérapie efficace et sûre chez les enfants et les adolescents atteints d’une infection à C. difficile, malgré certains événements indésirables plus ou moins graves qui semblent dépendre des comorbidités sous-jacentes des patients.

La transplantation de microbiote fécal a aussi montré des bénéfices potentiels dans d’autres domaines liés aux maladies digestives et intestinales, notamment :

• La colite ulcéreuse active : une méta-analyse d’essais contrôlés randomisés en double aveugle publiée en 2023⁷⁶ a conclu à un bénéfice clinique et endoscopique dans le traitement à court terme de la colite ulcéreuse active, avec un profil de sécurité comparable à celui du placebo.
• Les maladies auto-immunes et auto-inflammatoires : une méta-analyse d’essais randomisés contrôlés publiée en 2022⁷⁷ sur les maladies auto-immunes et auto-inflammatoires (Colite ulcéreuse, colite ulcéreuse pédiatrique et maladie de Crohn) a montré que la TMF transplantation de microbiote fécal était efficace et relativement sûr, et devrait être utilisée pour induire la rémission des maladies auto-immunes actives. Une précédente revue portant exclusivement sur la maladie de Crohn avait déjà montré des résultats similaires⁷⁸.

Mais il n’a pas que sur les MICI et autres maladies de l’intestin que la transplantation de microbiote fécal se montre digne d’intérêt.

Sur l’obésité, une méta-analyse d’études randomisées contrôlées publiée en 2023⁸⁰ a fait état de l’amélioration d’un grand nombre de paramètres et marqueurs de maladies métaboliques tels que la glycémie à jeun, la pression artérielle, le cholestérol total, HDL et LDL, les triglycérides ainsi que la CRP, après une intervention de transplantation de microbiote fécal.

Une autre méta-analyse publiée la même année arrive aux mêmes conclusions⁸¹. Les chercheurs s’avancent même à dire que la transplantation de microbiote fécal, en tant que thérapie de perte de poids et de contrôle de la glycémie, aide à prévenir et à traiter les problèmes métaboliques liés à l’obésité, et constitue une alternative viable à la chirurgie bariatrique pour les patients qui ne souhaitent pas subir cette procédure.

Par ailleurs, la modulation du microbiote intestinal est également considérée comme une nouvelle voie thérapeutique contre la maladie d’Alzheimer.

En 2020, une étude de cas inédite⁸² a d’ailleurs rapporté un possible effet bénéfique de la TMF transplantation de microbiote fécal sur la maladie d’Alzheimer chez un patient qui était traité pour C. difficile.

La communauté scientifique reste bien évidemment très prudente tant que des résultats définitifs provenant d’études randomisées ne sont pas publiés, mais cette voie semble prometteuse.

De la même manière, une revue narrative d’études portant sur l’efficacité et la tolérabilité de la transplantation de microbiote fécal sur les troubles de l’humeur, les troubles anxieux et la dépendance à l’alcool publiée en 2023⁸³ a montré des premiers résultats prometteurs.

La transplantation de microbiote fécal pourrait donc être considérée comme une intervention utile dans certaines pathologies psychiatriques. Néanmoins sur ce sujet, la plupart des études sont encore préliminaires, et ces données demandent donc à être confirmées par des essais cliniques plus robustes.

FAQ : Flore intestinale ou microbiote